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Diplomado pela Faculdade de Medicina da Bahia. Ingressando no corpo de saúde do exército foi transferido ao Rio Grande do Sul durante a Guerra contra Oribe e Rosas. Terminada a guerra radicou-se em São Gabriel, onde passou a dirigir o hospital do regimento de artilharia. Em 1852 foi promovido a tenente e em 1861, já estabilizado, reformou-se e passou a trabalhar como médico particular. Embora afastado do exército, participou do cerco de Uruguaiana durante a Guerra do Paraguai, tendo por isso sendo nomeado major honorário. Casou com Zeferina Fernandes Barbosa, foi pai do também médico Fernando Abbott, depois presidente da província do Rio Grande do Sul. Em 29 de junho de 1873, juntamente com outros maçons, Jonathas Abbott Filho funda a loja maçônica Rocha Negra em São Gabriel, aquela que viria fundar a Grande Loja do estado do Rio Grande do Sul, em 8 de janeiro de 1928. Era oficial da Imperial Ordem da Rosa, comendador da Imperial Ordem de Cristo. Mais tarde, no ano de 1884, a Instituição recebe homenagens da Princesa Isabel, por ter, 04 anos antes da assinatura da Lei Aurea, libertado todos os escravos do Município de São Gabriel. Este fato rendeu a Rocha Negra, por Decreto 029, do GOB, de 17 de setembro de 1884, sendo Grão Mestre da época Joaquim Saldanha Marinho, o Título de Benemérita da Ordem.