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Doutorado em Medicina, pela Faculdade de Medicina da Bahia, quando defendeu tese inaugural sobre “O estudo da Física, quer experimental, quer analítica, é essencial à instrução médica”. Lente substituta, por concurso, da Seção de Ciências Acessórias (1841); Lente proprietário de Medicina Lega (1855-1856). “O Dr. Malaquias, “talentoso e estudiosíssimo”, filólogo e orador, demonstrou sempre sua rara cultura e espírito progressista” (Sá). A respeito de Malaquias Álvares dos Santos, relata Aranha Dantas, em sua Memória Histórica de 1855, que “ na véspera do memorável 2 de julho, à noite, quando, entusiasmados pela recordação das glórias da pátria, atravessavam o Terreiro os batalhões patrióticos em marcha para a Lapinha, de uma das janelas da Escola deu o digno lente Sr. Dr. Malaquias o magnífico espetáculo da luz elétrica, admirável fenômeno, cujo ensaio, não me consta, já fosse feito por alguém no Brasil” (apud Sá Oliveira, obra citada). De sua extensa bibliografia, consta a primeira memória histórica da Faculdade de Medicina da Bahia (referente ao ano de 1854). Cavaleiro da Ordem de Cristo era, para a época, homem de inegável cultura. Foi redator do periódico “O Mosaico”, publicado que circulou em Salvador, de 1845 a 1847. No referido periódico escreveu vários artigos sobre assuntos os mais diversos (Instrução Pública, Mineração, Ciências Morais, Curandeirismo, Fabricação de açúcar, etc.). Colaborou, igualmente, no “Prisma” e nos “Anais Brasilienses de Medicina” (1860-1861).